ความพยายามที่จะให้มี การตราพระราชบัญญัติเกี่ยวกับมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยปรากฏขึ้นเป็นครั้งแรก ใน พ.ศ. ๒๕๐๐ เมื่อรัฐบาลจอมพล ป. พิบูลสงคราม ได้ยกร่าง พระราชบัญญัติรับรองวิทยฐานะปริญญา ของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อเสนอต่อสภาพผู้แทนราษฎร แต่รัฐบาลของจอมพล ป. พิบูลสงคราม สิ้นสุดลงเพราะถูกยึดอำนาจการปกครอง ร่างพระราชบัญญัตินี้จึงตกไป

ต่อมาใน พ.ศ. ๒๕๐๙ คณะสงฆ์ได้เปิดการอบรม " พระธรรมฑูตไปต่างประเทศ " ขึ้น โดยสำนักฝึกอบรมตั้งอยู่ที่วัดบวรนิเวศวิหาร และมอบให้เจ้าหน้าที่ของมหามกุฏราชวิทยาลัย และมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นผู้ดำเนินงาน และให้ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งนี้ เข้ารับการฝึกอบรมเป็นหลักเมื่อการดำเนินงานบรรลุวัตถุประสงค์ด้วยดี จึงมีโครงการที่จะขยายการศึกษาของสำนักฝึกอบรมพระธรรมฑูตขึ้นเป็นการศึกษาระดับปริญญาโทและเห็นว่า ควรจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัยขึ้น
คณะอนุกรรมการที่ตั้งขึ้นมาพิจารณาเรื่องนี้ได้พบปัญหาว่า ก่อนที่จะจัดการศึกษาขั้นปริญญาโทได้นั้น การศึกษาระดับปริญญาตรี จะต้องได้รับการรับรองมิฉะนั้น ปริญญาโทก็จะไร้ความหมาย ทุกฝ่ายจึงเป็นพ้องกันว่า "จะต้องให้รัฐบาลไทยรับรองฐานะและปริญญาของมหาวิทยาลัยสงฆ์เสียก่อน" และผู้มีส่วนเกี่ยวข้อง ต่างเคยมีประสบการณ์ร่วมกันมาว่า ทุกครั้งที่รัฐบาลพิจารณาเรื่องการรับรองมหาวิทยาลัยสงฆ์ รัฐบาล มักอ้างว่า "มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งนั้น คณะสงฆ์เองก็ยังไม่รับรอง แล้วจะให้รัฐบาลรับรองได้อย่างไร"

คณะอนุกรรมการจึงตกลงกันว่าจะดำเนินการให้คณะสงฆ์รับรองเสียก่อน จะได้ปูพื้นฐานให้รัฐบาลรับรองต่อไป ในที่สุดก็ได้มี คำสั่งมหาเถรสมาคม เรื่องการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงฆ์ พ.ศ. ๒๕๑๒ โดยมติที่ประชุมมหาเถรสมาคม เมื่อวันอังคารที่ ๖ พฤษภาคม ๒๕๑๒ การที่มหาเถรสมาคม ได้ออกคำสั่งนี้ถือเป็นการรับรองอย่างเป็นทางการว่า มหามกุฏราชวิทยาลัย และมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์ และถือเป็นส่วนหนึ่งของระบบการศึกษา ของคณะสงฆ์ไทย

คำสั่งมหาเถรสมาคมฉบับ มี ๑๒ ข้อ สาระสำคัญอยู่ในข้อต่อไปนี้
ข้อ ๓ นับแต่วันประกาศใช้คำสั่งนี้ ให้การศึกษาของสภาการศึกษามหามกุฎราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัม์ ณ วัดบวรนิเวศวิหาร และของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ณ วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ซึ่งดำเนินการอยู่แล้ว เป็นการศึกษาของคณะสงฆ์

ข้อ ๗ ถ้าเป็นการสมควร มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองจะร่วมกันจัดการศึกษาขั้นบัณฑิตวิทยาลัยอีกส่วนหนึ่ง โดยอนุมัติของสภาการศึกษาของคณะสงฆ์ก็ได้

คำสั่งมหาเถรสมาคมฉบับนี้มีความสำคัญมาก เมื่อมีความพยายามที่จะให้มีการรับรองมหาวิทยาลัยสงฆ์ในระยะต่อมา เหตุผลสำคัญที่บุคคลผู้เกี่ยวข้องยกขึ้นชี้แจงต่อรัฐบาลคือ การอ้างถึงคำสั่งมหาเถรสมาคมฉบับนี้ และการดำเนินงานเกี่ยวกับการศึกษาของมหาวิทยาลัยสงฆ์ ก็ได้อาศัยคำสั่งมหาเถรสมาคม พ.ศ. ๒๕๑๒ เป็นฐาน