ใน พ.ศ. ๒๕๑๕ จอมพลถนอม กิตติขจร เป็นหัวหน้าคณะปฏิวัติบริหารประเทศหัวหน้า ฝ่ายอำนวยการศึกษาและสาธารณสุขของคณะปฏิวัติได้ตั้งคณะอนุกรรมการขึ้นมาคณะหนึ่ง เพื่อพิจารณาเรื่องมหาวิทยาลัยสงฆ์ ประกอบด้วยอนุกรรมการ ๗ ท่านมี นายจวน เจียรนัย เป็นประธาน นายระบิล สีตสุวรรณ เป็นรองประธาน เลขาธิการมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย คือ พระธรรมคุณาภรณ์ (เกี่ยว อุปเสโณ) เป็นอนุกรรมการ พระศรีวิสุทธิโมลี (ประยุทธ์ ปยุตโต) ได้เข้าร่วมประชุม ผลของการประชุม ของคณะอนุกรรมการทำให้มีการร่างประกาศคณะปฏิวัติ ๑๐ ข้อเพื่อรับรองสถานภาพมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง แต่ในระหว่างที่ดำเนินการอยู่นั้น คณะปฏิวัติได้สิ้นสุดลง เพราะมีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญ พ.ศ. ๒๕๑๕ ร่างประกาศคณะปฏิวัติฉบับนี้จึงค้างอยู่

จอมพลถนอมได้กลับมาเป็นนายกรัฐมนตรี ในระบบรัฐธรรมนูญการปกครองราชอาณาจักรไทย พ.ศ. ๒๕๑๕ มีสถาบันนิติบัญญัติแห่งชาติ ทำหน้าที่ออกพระราชบัญญัติ ได้มีการนำประกาศคณะปฏิวัติ พ.ศ. ๒๕๑๕ กลับมาพิจารณา และปรับเปลี่ยนเป็นร่างพระราชบัญญัติ เพื่อรับรองสถานภาพ ของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบ ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ เมื่อวันที่ ๒ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๖ แต่ยังไม่ทันได้เสนอสภานิติบัญญัติ รัฐบาลจอมพลถนอม กิตติขจรสิ้นสุดลงเพราะเกิดวันมหาวิปโยคในวันที่ ๑๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๖ ร่างพระราชบัญญัตินี้จึงตกไป
สมัยรัฐบาลของนายกรัฐมนตรีสัญญา ธรรมศักดิ์ ได้มีการเสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เข้าสู่ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๘ มกราคม พ.ศ.๒๕๑๗ คณะรัฐมนตรีได้มีมติให้รอเรื่องนี้ไว้ก่อน ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๙ มกราคม พ.ศ. ๒๕๑๗ คณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ โดนกำหนดนโยบายไว้ว่า สถาบันการศึกษาที่จะให้ปริญญาได้ต้องปรับปรุงวิธีการและหลักสูตร

กระทรวงการศึกษาธิการจึงได้แต่งตั้ง คณะกรรมการขึ้นมาชุดหนึ่งเรียกว่า คณะกรรมการปรับปรุงวิธีการ และหลักสูตรมหาวิทยาลัยสงฆ์ ให้สามารถให้ปริญญาได้โดยสมบูรณ์ ประกอบด้วยกรรมการ ๑๔ ท่าน มี นายจรูญ วงศ์สายัณห์ เป็นประธาน กรรมการจากมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย คือ พระพรหมคุณาภรณ์ (เกี่ยว อุปเสโณ) พระราชวรมุนี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) พระมหาเสถียร ถิรญาโณ และนายจำนงค์ ทองประเสริฐ

คณะกรรมการชุดนี้ประชุม ๘ ครั้ง ได้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ๒ ฉบับ คือพระราชบัญญัติมหามกุฏราชวิทยาลัยและพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย กล่าวเฉพาะร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนั้นมี ๔๕ มาตรา สาระสำคัญคือการรับรองสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัย ดังความในมาตรา ๕ ว่า " ให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นนิติบุคคล มีฐานะเป็นสถาบันการศึกษาของคณะสงฆ์ ได้รับความอุปถัมภ์และอำนาจบริหารงานจากรัฐ โดยทางกระทรวงศึกษาธิการ" คณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติเมื่อวันที่ ๘ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๑๗ และส่งให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณา เมื่อคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาเสร็จก็ได้มีการเปลี่ยนแปลงรัฐบาล ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จึงค้างอยู่

ในสมัยรัฐบาลถัดมาซึ่งมี หม่อมราชวงศ์คึกฤทธิ์ ปราโมช เป็นนายกรัฐมนตรี นายนิพนธ์ ศศิธร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ได้นำเอาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่คณะกรรมการกฤษฎีพิจารณาแล้ว ในสมัยรัฐบาลของ นายสัญญา ธรรมศักดิ์ เสนอต่อสภาผู้แทนราษฎร ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ มีชื่อว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พระราชบัญญัติแต่ละฉบับมี ๕๖ มาตรา สาระสำคัญยังคงเป็นเรื่อง การรับรองสถานภาพ เป็นมหาวิทยาลัย ประเด็นที่น่าสนใจคือมาตรา ๔๑ ความว่า " ผู้สอนในมหาวิทยาลัยมีดังนี้ คือ (๑) ปวราจารย์ ซึ่งอาจเป็นปวราจารย์ประจำหรือเป็นปวราจารย์พิเศษ (๒) วราจารย์ (๓) อาจารย์ ซึ่งอาจเป็นอาจารย์ประจำหรืออาจารย์พิเศษ "

ในวันที่ ๒๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๘ สภาผู้แทนราษฎรลงมติในวาระที่ ๑ รับหลักการร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับด้วยคะแนนเสียงเป็นเอกฉันท์ และมอบให้คณะกรรมาธิการศึกษาพิจารณาแปรญัตติ คณะกรรมาธิการการศึกษาซึ่งมี นายปรีชา เพ็ชรสิงห์ เป็นประธานได้ใช้เวลานานถึง ๔ เดือนในการประชุมเพียง ๔ ครั้ง พิจารณาร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับ พระราชวรมุนี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) รองเลขาธิการมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นผู้แทนจากมหาวิทยาลัย เข้าชี้แจงในที่ประชุมคณะกรรมาธิการหลังจากพิจารณา แปรญัตติเสร็จแล้ว ประธานคณะกรรมาธิการการศึกษาได้ทำหนังสือลงวันที่ ๒๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๑๘ แจ้งประธานสภาผู้แทนราษฎรว่า คณะกรรมาธิการได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เสร็จแล้ว และขอให้เสนอที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎร พิจารณาต่อไป สภาผู้แทนราษฎรไม่มีโอกาสพิจารณาร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้เพราะได้มีพระราชกฤษฎีกายุบสภาเสียก่อน ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ จึงตกไปอย่างน่าเสียดาย