พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ทำให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเติบโตอย่างรวดเร็ว จากที่เคยมีวิทยาเขตเพียงหนึ่งแห่งใน พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้มีวิทยาเขตเพิ่มขึ้นเป็น ๙ แห่งใน พ.ศ. ๒๕๓๔ มหาวิทยาลัยตั้งบัณฑิตวิทยาลัยใน พ.ศ.๒๕๓๑ และเปิดการศึกษาระดับปริญญาโทในปีเดียวกัน ปัญหาที่ตามก็คือการที่มหาวิทยาลัยไม่มีสถานภาพเป็นนิติบุคคลตามกฎหมายทำให้การประสานงาน กับวิทยาเขตหละหลวมทั้งในด้านบริหารทั่วไป และการบริหารงบประมาณ นอกจากนี้ พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จการศึกษาวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ รับรองวิทยฐานะเฉพาะปริญญาตรี ไม่รับรองวิทยฐานะปริญญาโทที่เปิดสอนแล้วนั้น มหาวิทยาลัยจึงไม่สามารถขยายการศึกษาถึงระดับปริญญาเอก

เพื่อแก้ไขข้อขัดข้องดังกล่าวมา ผู้บริหารมหาวิทยาลัยจึงเห็นพ้องต้องกันว่าจะดำเนินการเพื่อให้ได้มาซึ่งสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์ตามกฎหมาย จุดเริ่มต้นแห่งความพยายามที่เป็นรูปธรรมคือ การกำหนดนโยบายไว้ในแผนพัฒนามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ระยะที่ ๗ (พ.ศ. ๒๕๓๔ - ๒๕๓๙) ว่า " พัฒนามหาวิทยาลัยให้มีสถานภาพสมบูรณ์ตามกฎหมาย " และมีมาตรการรองรับว่า " ดำเนินการให้ตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย " แผนพัฒนามหาวิทยาลัยนี้เริ่มใช้ตั้งแต่เดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๔ การดำเนินการที่เป็นระบบเพื่อให้ได้มาซึ่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ยกใหม่จึงเริ่มต้นในปีนั้น

วันที่ ๑๑ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๔ นายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการของรัฐบาลที่มีนายชวน หลีกภัยเป็นนายกรัฐมนตรี ได้เดินทางพร้อมคณะมาเยี่ยมชมกิจการของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เพื่อรับทราบปัญหาเกี่ยวกับการบริหารงานของมหาวิทยาลัยด้วยตนเอง รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ประชุมร่วมกับผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยนำโดย พระสุเมธาธิบดี (บุญเลิศ ทตฺตสุทธิ) นายกสภามหาวิทยาลัย และพระอมรเมธาจารย์ (นคร เขมปาลี) อธิการบดี ที่ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ ผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยได้ชี้แจงให้ทราบถึงปัญหาสำคัญที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยประสบอยู่ขณะนั้น คือปัญหาเกี่ยวกับสถานภาพของมหาวิทยาลัยที่ยังไม่เป็นนิติบุคคลตามกฎหมายและปัญหาหลายอย่างที่ตามมา โดยเฉพาะปัญหาด้านงบประมาณและการขยายการศึกษาให้สูงถึงระดับปริญญาโทและปริญญาเอก รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการรับว่าจะสนับสนุนการดำเนินการเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

ต่อมาในวันที่ ๒๕ ธันวาคม พ.ศ.๒๕๓๕ คณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรม นำโดยนายอำนวย สุวรรณคีรี ประธานกรรมาธิการ และนายดุสิต โสภิตชา รองประธานกรรมาธิการ ได้มาเยี่ยมชมกิจการของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และประชุมร่วมกับนายสภามหาวิทยาลัย อธิการบดี รองอธิการบดีและคณะบดี ที่ตำหนักสมเด็จวัดมหาธาตุฯ คณะกรรมาธิการรับว่าจะดำเนินการเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

ในวันที่ ๙ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๖ มหาวิทยาลัยได้มีคำสั่งที่ ๑๔๙/๒๕๓๖ แต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินงานเกี่ยวกับ ร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จำนวน ๑๑ ท่าน มีพระอมรเมธาจารย์ อธิการบดี เป็นประธานคณะกรรมการได้ประชุมครั้งแรก ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ เมื่อวันที่ ๒๒ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๖

คณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะวัฒนธรรมมอบหมายให้นายประเทือง เครือหงศ์ เลขานุการคณะกรรมาธิการยกร่างพระราชบัญญัติสถาบันมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและมหามกุฎราชวิทยาลัย มี ๓๗ มาตรา สาระสำคัญของร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ คือ มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งมีสภามหาวิทยาลัยร่วมกันเพียงสภาเดียวเรียกว่า สภาสถาบันเหมือนกับสถาบันราชภัฏ ๓๖ แห่งที่มีสภาสถาบันเพียงสภาเดียว เมื่อยกร่างเสร็จแล้ว นายอำนวย สุวรรณคีรี ได้ส่งร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ถึงนายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการเมื่อวันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ และได้มีหนังสือลงวันที่ ๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ แจ้งให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยทราบเรื่องร่างพระราชบัญญัตินี้เช่นกัน

ในวันที่ ๘ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะผู้บริหารระดับสูงของมหามกุฎราชวิทยาลัย ประกอบด้วย พระเทพวราจารย์ พระราชธรรมนิเทศ พระกวีวรญาณ และพระอมรโมลี มาประชุม ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุฯ ร่วมกับคณะผู้บริหารระดับสูงของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยนำโดย พระเมธีธรรมาภรณ์ พระครูวรกิจจาภรณ์ และพระมหาสมชัย กุสลจิตฺโต เพื่อกำหนดแนวทางดำเนินการเกี่ยวกับพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ร่วมกันที่ประชุม มีมติให้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับเหมือนกับที่เคยผ่านสภาผู้แทนราษฎรเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๘

ต่อมา ในวันที่ ๑๐ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและคณะผู้บริหารมหามกุฎราชวิทยาลัยได้เข้าประชุมร่วมกับคณะกรรมธิการการศาสนา ศิลปวัฒนธรรม ที่กรมการศาสนา มีนายปราโมทย์ สุขุม เป็นประธาน เพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติสถาบันที่คณะกรรมาธิการได้ยกร่างเสร็จเรียบร้อยแล้ว ที่ประชุมมีมติให้ยกร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์แยกกันเป็นสองฉบับ คือ ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย

ในวันที่ ๑๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ คณะผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้ไปร่วมประชุมกับคณะผู้บริหารมหามกุฎราชวิทยาลัยที่วัดบวรนิเวศวิหาร เพื่อพิจารณากำหนดแนวทางร่วมกันในการผลักดันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์

ในวันที่ ๑๕ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายประเทือง เครือหงศ์ เลขานุการคณะกรรมาธิการการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์สองฉบับ คือ ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่ปรับปรุงแก้ไขแล้วถึงนายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ

ในวันที่ ๒๒ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๖ พระเมธีธรรมาภรณ์ (ประยูร ธมมฺจิตโต) รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ นำเรื่องปรึกษาสภามหาวิทยาลัยในการประชุมครั้งที่ ๔/๒๕๑๖ เรื่องตำแหน่งทางวิชาการที่จะกำหนดในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ สภามหาวิทยาลัยมีมติให้ใช้แบบสากลนิยม คือ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ รองศาสตราจารย์ และศาสตราจารย์

ในวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับถึงนายสัมพันธ์ ทองสมัคร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเพื่อพิจารณาดำเนินการต่อไป นายสัมพันธ์ ทองสมัครได้ทำบันทึกถึงนายโกวิท วรพิพัฒน์ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการว่า เรื่องนี้สำคัญละเอียดอ่อนควรขอความเห็นจากคณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเกี่ยวกับเรื่องนี้ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการได้ทำบันทึกถึง นายสุรัฐ ศิลปอนันต์ รองปลัดกระทรวงศึกษาธิการให้นิมนต์ และเชิญประชุมผู้ที่เกี่ยวข้องกับเรื่องนี้ เช่น ผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ผู้แทนมหามกุฎราชวิทยาลัย นายอำนวย สุวรรณคีรี อธิบดีกรมการศาสนา อธิบดีกรมวิชาการ อธิบดีกรมสามัญศึกษา เลขาธิการการประถมศึกษาแห่งชาติ ในวันที่ ๒๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เพื่อพิจารณาเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ โดยเฉพาะผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่เข้าร่วมประชุมในครั้งนี้ คือ พระอมรเมธาจารย์ อธิการบดี พระเมธีธรรมาภรณ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ พระครูศรีวรนายก รองอธิการบดีฝ่ายบริหาร และพระมหาโกวิทย์ สิริวรณโณ รองอธิการบดีฝ่ายกิจการวิทยาเขต

ในวันที่ ๔ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ นายอำนวย สุวรรณคีรี ในฐานะสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่คณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมยกร่างไว้นั้น ต่อประธานสภาผู้แทนราษฎร

ประธานสภาผู้แทนราษฎรพิจารณาแล้ววินิจฉัยว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับเป็นร่างพระราชบัญญัติเกี่ยวด้วยการเงิน เพราะรัฐต้องจัดสรรและโอนงบประมาณรายจ่ายของแผ่นดินมาดำเนินกิจการามหาวิทยาลัยสงฆ์ จึงสั่งการให้ส่งเรื่องไปยังนายกรัฐมนตรีเพื่อพิจารณารับรอง เลขาธิการสภาผู้แทนราษฎรจึงส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ ถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที ๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เพื่อคณะรัฐมนตรีพิจารณาล่วงหน้า

ในวันที่ ๑๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือถามความเห็นเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ไปที่กระทรวงศึกษาธิการและทบวงมหาวิทยาลัย ทบวงมหาวิทยาลัยมีหนังสือตอบลงวันที่ ๑๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๖

ในวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายปราโมทย์ สุขุม รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์สองฉบับต่อเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเพื่อถือเป็นร่างของรัฐบาล

ในวันที่ ๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ นายวิษณุ เครืองาม เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือถามความเห็นเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไปที่ทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงบประมาณกระทรวงการคลังและสำนักนายกรัฐมนตรี

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ กรมการศาสนาทำหนังสือแจ้งปลัดกระทรวงศึกษาธิการว่า กรมการศาสนาได้นำเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งเสนอที่ประชุมมหาเถรสมาคมและที่ประชุมคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์ ทุกฝ่ายเห็นชอบในหลักการ ร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับในเดือนตุลาคมนั่นเอง กระทรวงศึกษาธิการแจ้งเลขาธิการคณะรัฐมนตรีว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับมีความเหมาะสมชอบด้วยหลักการและเหตุผล

ในวันที่ ๑๖ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้มีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการประสานงานร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยขึ้นมาอีกชุดหนึ่ง เพิ่มจำนวนกรรมการเป็น ๒๑ ท่าน มีพระอมรเมธาจารย์ อธิการบดีเป็นประธานมีพระเมธีธรรมาภรณ์และพระครูศรีวรนายก เป็นรองประธาน ทำหน้าที่ติดต่อประสานงานให้ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยผ่านการพิจารณาของรัฐสภา

ในวันที่ ๒๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๓๖ นายวิษณุ เครืองาม เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือถึงนายบัญญัติ บรรทัดฐาน รองนายกรัฐมนตรี สรุปความว่า ทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงบประมาณกระทรวงการคลัง และสำนักนายกรัฐมนตรีพิจารณาแล้วเห็นควรสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ โดยทบวงมหาวิทยาลัยเสนอว่ามหาวิทยาลัยสงฆ์ควรอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของทบวงมหาวิทยาลัย

ในวันที่ ๒๑ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ คณะรัฐมนตรีตั้งข้อสังเกตว่า การจะให้มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งบริหารด้วยตนเองตามระบบเดิมจะมีประสิทธิภาพและเหมาะสมกว่าการกำหนดให้อยู่ภายใต้ระบบราชการหรือไม่ และเป็นการสมควรหรือไม่ที่มหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งจะอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของทบวงมหาวิทยาลัย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการขอถอนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไปแก้ไขปรับปรุงใหม่ก่อนที่จะเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาอีกครั้ง

ในวันที่ ๒๔ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๖ เลขาธิการคณะรัฐมนตรี มีหนังสือแจ้งมติคณะรัฐมนตรีไปที่ทบวงมหาวิทยาลัยและกระทรวงศึกษาธิการเพื่อให้พิจารณาตกลงเรื่องหน่วยงานที่จะกำกับดูแลมหาวิทยาลัยสงฆ์

ในวันที่ ๑๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๗ คณะผู้บริหารระดับสูงของมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีอธิการบดีเป็นประธาน ได้ประชุม ณ ตำหนักสมเด็จ วัดมหาธาตุ พิจารณาสาเหตุที่ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไม่ผ่านที่ประชุมคณะรัฐมนตรี ผู้บริหารระดับสูงมีมติให้ส่งผู้แทนมหาวิทยาลัยไปประสานงานกับรัฐมนตรีและรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการอย่างใกล้ชิด

ในวันที่ ๑๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๗ กรมการศาสนาได้เสนอคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์ในการประชุมครั้งที่ ๑/๒๕๓๗ ให้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศานา พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้ดำเนินการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการดังกล่าว จำนวน ๑๒ ท่าน

ในวันที่ ๑๗ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๗ คณะผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย นำโดยอธิการบดีได้เข้าพบนายสัมพันธ์ ทองสมัคร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเพื่อหาทางออกให้กับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ในการพบครั้งนี้ได้มีข้อตกลงให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และมหามกุฎราชวิทยาลัย ส่งผู้แทนแห่งละ ๕ ท่าน ไปประชุมปรึกษาหารือกับผู้แทนจากกระทรวงศึกษาธิการและผู้แทนจากทบวงมหาวิทยาลัยเพื่อตกลงในประเด็นเรื่องการกำกับดูแลมหาวิทยาลัยสงฆ์

วันที่ ๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ในฐานะองค์ประธานเสนอคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์มีพระบัญชาแต่งตั้งคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไข พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ จำนวน ๑๒ ท่าน มีพระราชธรรมนิเทศเป็นประธาน และมีนายมาณพ พลไพรินทร์ ผู้อำนวยการกองศาสนศึกษา เป็นกรรมการและเลขานุการ

ในวันที่ ๑๔ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๕ รูป นำโดยอธิการบดีและผู้แทนมหามกุฎราชวิทยาลัย ๕ รูป ไปประชุมร่วมกับคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่กรมการศาสนา ที่ประชุมมีมติให้กระทรวงศึกษาธิการมีคำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการและผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งละ ๕ รูปนั้นเป็นกรรมการชุดใหญ่มีหน้าที่พิจารณาพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์และพระราชบัญญัติที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ เลขานุการที่ประชุมยังได้เสนอว่า " ควรจะมีการแก้ไขปรับปรุงพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ.๒๕๒๗เป็นหลักเพระนโยบายของท่านรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ มหาวิทยาลัยสงฆ์จะไม่มีสองมหาวิทยาลัยอย่างที่เป็นอยู่ในปัจจุบันเพราะขณะนี้จะมีมหาวิทยาลัยพุทธศาสนาแห่งโลกเกิดขึ้นโดยตั้งงบประมาณไว้แล้ว "

ต่อมา ทางฝ่ายเลขานุการในคณะอนุกรรมการยกร่างหรือปรับปรุงแก้ไขพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ได้ยกร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ……ซึ่งเป็นการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ ร่างพระราชบัญญัติฉบับแก้ไขเพิ่มเติมนี้กำหนดให้ผู้สำเร็จเปรียญธรรม ๙ ประโยคมีวิทยฐานะปริญญาเอก พร้อมกับรับรองวิทยฐานะปริญญาโทและปริญญาเอกในมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง เลขานุการในคณะอนุกรรมการชุดนี้ได้มีหนังสือเชิญอนุกรรมการไปประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติฉบับดังกล่าวในวันที่ ๗ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗

เมื่อข่าวเรื่องร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้แพร่ออกไป ผู้บริหารมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเห็นว่าร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้จะทำให้ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์หมดความหมาย อธิการบดีจึงมีหนังสือแจ้งให้เจ้าหน้าที่และคณาจารย์ทั้งหมดเข้าร่วมเสวนาเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ณ ศูนย์วัดศรีสุดาราม ในวันที่ ๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ มหาวิทยาลัยได้เชิญนายอำนวย สุวรรณคีรี ประธานกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรม และนายดุสิต โสภิตชา รองประธานกรรมาธิการศาสนาศิลปะ และวัฒนธรรมมาเป็นวิทยากรบรรยายนำ ผู้เข้าร่วมเสวนามีมติยืนยันให้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหามกุฎราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยกลับเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี

ในวันที่ ๑๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งพร้อมด้วยผู้แทนทบวงมหาวิทยาลัย สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาแห่งชาติ สำนักงานข้าราชการพลเรือน สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรี และผู้แทนกรมการศาสนาไปประชุมร่วมกับคณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมที่รัฐสภาตามหนังสือเชิญของประธานคณะกรรมาธิการ ที่ประชุมมีมติให้รีบเสนอร่างพระราชบัญญัติมหามกุฎราชวิทยาลัยและร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี เพราะเวลาได้ล่วงเลยมานานแล้ว และเห็นควรให้มหาวิทยาลัยสงฆ์อยู่ในความควบคุมดูแลของมหาเถรสมาคม และกระทรวงศึกษาธิการตามที่เคยเสนอเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรี ที่ประชุมมีมติให้ผู้เกี่ยวข้องประชุมร่วมกันอีกครั้งหนึ่งที่วัดบวรนิเวศวิหารในวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗

ในวันที่ ๑๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนกรมการศาสนา (นายศิริ ศิริบุตร รองอธิบดีกรมการศาสนา) ได้มีหนังสือรายงานผลการประชุมที่รัฐสภาต่อนายสัมพันธ์ ทองสมัคร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ รัฐมนตรีได้ทำบันทึกท้ายหนังสือว่ามอบให้ ดร.รุ่ง แก้วแดง อธิบดีกรมการศึกษานอกโรงเรียน เป็นประธานคณะทำงานนโยบาย ของกระทรวงศึกษาธิการ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้ทำบันทึกแยกต่างหาก มอบหมายงานปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์แก่ ดร. รุ่ง แก้วแดง ว่า
" เรียนคณะทำงาน (ดร. รุ่ง แก้วแดง)
ด้วย ครม. ได้ให้ ศธ. มาปรับ พ.ร.บ. จัดการศึกษาสงฆ์ ผมมอบเรื่องนี้ให้กรมการศาสนาไปนานแล้ว ยังไม่มีอะไรคืบหน้า ของ ดร. รุ่ง ได้ปรับปรุงแก้ไข พ.ร.บ. ดังกล่าวให้ด้วย เมื่อพิจารณาแก้ไขแล้วเสร็จ จะได้สัมมนาหารือร่วมกันอีกสักครั้งก่อนเสนอ ครม."

ในวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๗ ผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งพร้อมด้วยผู้แทนของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้ประชุมร่วมกับคณะกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรม ที่วัดบวรนิเวศวิหารเพื่อพิจารณาปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์โดยเปรียบเทียบกับร่างพระราชบัญญัติสถาบันราชภัฎ

ในวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ดร. รุ่ง แก้วแดง ได้เชิญผู้แทนมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง ประธานกรรมาธิการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรมและผู้เกี่ยวข้องประชุมครั้งแรกที่กรมการศึกษานอกโรงเรียน เพื่อพิจารณาปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ในการประชุมครั้งนี้ ดร.รุ่ง ได้กำหนดประเด็นปัญหาไว้ ๒๕ ข้อ เพื่อหาคำตอบตรงกันทุกฝ่ายแล้วจึงใช้เป็นหลักการประกอบการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ พระเมธีธรรมาภรณ์ (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) เป็นผู้ชี้แจงคำตอบในประเด็นปัญหาเหล่านั้นในนามของมหาวิทยาลัยสงฆ์

ดร.รุ่ง แก้วแดง ได้ประชุมครั้งที่ ๒ ในวันที่ ๑๔ กรกฎาคม และครั้งที่ ๓ ในวันที่ ๒๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ผลของการประชุมทำให้ได้หลักการและคำอธิบายประกอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จำนวน ๒๒ ข้อ ซึ่งที่ประชุมใช้เป็นกรอบในการปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ร่างพระราชบัญญัติที่ปรับปรุงใหม่นี้ได้ยึดแนวของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี พ.ศ. ๒๕๓๓ และพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ พ.ศ. ๒๕๓๕

ในวันที่ ๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ดร.รุ่ง แก้วแดง เสนอร่างพระราชบัญญัติมหามกุฎราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยที่ได้ปรับปรุงใหม่ต่อที่ประชุมอธิบดีของกระทรวงศึกษาธิการ ที่ประชุมเห็นชอบตามเสนอ

ต่อมาในวันที่ ๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๗ รัฐมนตรีว่ากระทรวงศึกษาธิการได้ส่งร่างพระราชบัญญัติทั้งสองฉบับถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเพื่อนำเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาต่อไป

เลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้มีหนังสือถามความเห็นไปยังกระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคมและสำนักงบประมาณในวันที่ ๘ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๗

สำนักงบประมารทำหนังสือตอบลงวันที่ ๑๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ ยืนยันการสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์

ในวันที่ ๒๐ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ กระทรวงแรงงานและสวัสดิการสังคมทำหนังสือตอบเลขาธิการคณะรัฐมนตรีว่า พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ไม่ต้องอยู่ภายใต้บังคับกฎหมายแรงงาน
วันที่ ๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๘ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และให้ส่งคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณา

ในวันที่ ๔ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๘ เลขาธิการคณะรัฐมนตรีส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณา

ในวันที่ ๒๑ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๘ มีการประชุมคณะกรรมการกฤษฎีกาชุดเล็กเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เป็นครั้งแรก มีนางสาวพวงเพชร สารคุณ ผู้ช่วยเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีการเป็นประธานที่ประชุมมีผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓ รูป ไปชี้แจง คือ พระอมรเมธาจารย์ พระเมธีธรรมาภรณ์ และพระมหาสุรพล สุจริโต ดร.รุ่ง แก้วแดง เข้าชี้แจงในนามกระทรวงศึกษาธิการพร้อมด้วยผู้แทนหน่วยงานต่าง ๆ คือ สำนักงบประมาณ กรมธนารักษ์ กรมบัญชีกลาง กรมสวัสดิการและคุ้มครองแรงงาน สำนักงานส่งเสริมตุลาการ และสำนักงานปลัดทบวงมหาวิทยาลัย

คณะกรรมการกฤษฎีกาชุดนี้ประชุมครั้งที่ ๒ ในวันที่ ๓ มีนาคม และประชุมครั้งที่ ๓ ในวันที่ ๒๑ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๒๘

ในวันที่ ๑๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ มีประกาศยุบสภา รัฐบาลของนายกรัฐมนตรีชวน หลีกภัย ได้สิ้นสุดลง ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับนี้จึงตกไปในขณะที่ยังค้างการพิจารณาของคณะกรรมการกฤษฎีกา

เมื่อรัฐบาลที่นายบรรหาร ศิลปอาชา เป็นนายกรัฐมนตรีเข้ามาบริหารประเทศมหาวิทยาลัยเริ่มดำเนินการเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ต่อไปด้วย การแต่งตั้งคณะกรรมการดำเนินการเกี่ยวกับพระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยชุดใหม่ มีพระเมธีธรรมาภรณ์เป็นประธาน พระครูศรีวรนายกเป็นรองประธาน และพระมหาสุรพล สุจริโตเป็นกรรมการและเลขานุการ เมื่อวันที่ ๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘

ในวันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ คณะสังคมศาสตร์ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย จัดอภิปรายเรื่อง " แนวทางการสานต่อ พ.ร.บ. มหาวิทยาลัยสงฆ์ " ผู้ร่วมอภิปรายประกอบด้วย นายสุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการคนใหม่ ดร.รุ่ง แก้วแดง นายอำนวย สุวรรณคีรี ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง และนายจำนงค์ สวมประคำ โดยมีพระเมธีธรรมาภรณ์เป็นผู้ดำเนินการอภิปราย คณะวิทยากรและผู้ดำเนินการอภิปรายได้เสนอให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการการสาน ต่อพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ นายสุขวิช รังสิตพลให้ความมั่นใจแก่ที่ประชุมว่า จะถือเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เป็นนโยบายสำคัญ ของกระทรวง ศึกษาธิการ

ภายหลังการอภิปรายในวันนั้น พระเมธีธรรมาภรณ์ได้นัดประชุมคณะกรรมการดำเนินการเกี่ยวกับ พระราชบัญญัติมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเป็นครั้งแรกเพื่อกำหนดแนวทางการประสานงานเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์

ในวันที่ ๑๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ กระทรวงศึกษาธิการส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ทั้งสองฉบับถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเพื่อเสนอที่ประชุมคณะรัฐมนตรี

ผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง ได้เข้าพบ ร.ต.ท. เชาวริน ลัทธศักดิ์ศิริ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในวันที่ ๑๔ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ และได้เข้าพบนายสุขวิช รังสิตพล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในวันที่ ๒๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ เพื่อสอบถามความคืบหน้าของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลังสงฆ์

เลขาธิการคณะรัฐมนตรีมีหนังสือลงวันที่ ๒๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ ถึงเลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกาให้เร่งพิจารณา ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ ที่ค้างการพิจารในสมัยรัฐบาลก่อน

ในวันที่ ๒๓ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๘ คณะกรรมการกฤษฎีกาประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ต่อจากที่ค้างไว้จนครบทุกมาตรา

ต่อมาในวันที่ ๑๖ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๘ ที่ประชุมคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาปรับปรุงร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๒๗ เพื่อให้สอดคล้องกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์

ในวันที่ ๒๙ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๘ เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกามีหนังสือถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรีรางายผลการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระรพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม

ในวันที่ ๑๖ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมกุฎราชวิทยาลัย ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม

ในวันที่ ๒๔ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๙ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี มีหนังสือถึงนายโภคิน พลกุล รัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรีเพื่อให้พิจารณาประเด็นที่ว่ามหาวิทยาลัยสงฆ์ควรมีอำนาจกู้ยืมเงินเพื่อการศึกษาและการวิจัยโดยมีรัฐบาลค้ำประกันหรือไม่

ในวันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๓๙ คณะผู้บริหารและเจ้าหน้าที่มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ประกอบด้วยพระครูศรีวรนายก พระมหาสุรพล สุจริโต พระมหาไพเราะ ฐิตสีโล พระมาไสว โชติกา และ ดร.พรรษา พ่วงแตง ได้เข้าพบนายบุญเอื้อ ประเสริฐสุวรรณ ประธานสภาผู้แทนราษฎรเพื่อขอให้เร่งนำร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์บรรจุในวาระการประชุมของสภาผู้แทนราษฎรพิจารณาโดยเร็ว

ในวันที่ ๒๘ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๓๙ คณะกรรมาธิการการศึกษา สภาผู้แทนราษฎรมีมติสนับสนุนร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ และนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ประธานคณะกรรมการมีหนังสือแจ้งให้พระสุเมธาธิบดี นายกสภามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยทราบในวันที่ ๕ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๙

ในวันที่ ๒๙ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ นายโภคิน พลกุล ได้เพิ่มประเด็นที่ว่าให้กระทรวงการคลังค้ำประกันหนี้ต่างๆ ของมหาวิทยาลัยสงฆ์และได้แจ้งไปยังประธานคณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎรเพื่อขอดำเนินการต่อไป

ในวันที่ ๓ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ นายปองพล อดิเรกสาร ประธานคณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎรได้นัดประชุมคณะกรรมการเพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่ทำเนียบรัฐบาล มีผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยไปร่วมประชุมชี้แจง ๓ รูป คือ พระราชรัตนโมลี พระเมธีธรรมาภรณ์ และพระมหาสุรพล สุจริโต

ในวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ นายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรีมีหนังสือถึงประธานสภาผู้แทนราษฎรเพื่อส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมเสนอสภาผู้แทนราษฎร

ในวันที่ ๑๒ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ คณะผู้บริหารระดับสูงของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก เพื่อกราบทูลถวายรายงานความคืบหน้าของการเสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ สมเด็จพระสังฆราชได้มีลิขิตถึงนายบรรหาร ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี นายบุญเอื้อ ประเสริฐสุวรรณ ประธานสภาผู้แทนราษฎร นายชวนหลีกภัย ผู้นำฝ่ายค้าน และนายมีชัย ฤชุพันธ์ ประธานวุฒิสภา เพื่อให้เร่งดำเนินการเกี่ยวกับ พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับจนทันประกาศใช้ในปีกาญจนภิเษก

ในวันที่ ๑๗ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรได้มีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมที่คณะรัฐมนตรีเป็นผู้เสนอ พร้อมด้วยร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์อีก ๓ ร่างที่นายอำนวย สุวรรณคีรี นายไพจิต ศรีวรขาน และพันตำรวจเอกสุทธี คะสุวรรณเป็นผู้นำเสนอ ที่ประชุมได้ตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาแปรญัตติโดยให้ถือร่างของรัฐบาลเป็นหลัก

คณะกรรมาธิการวิสามัญชุดนี้ประกอบด้วยกรรมาธิการจำนวน ๒๗ ท่าน มี ร.ต.ท. เชาวริน ลัทธศักดิ์ศิริ เป็นประธาน นายอำนวย สุวรรณคีรี นายไพจิต ศรีวรขาน และนายดุสิต โสภิตชาเป็นรองประธาน มีกรรมการที่เป็นศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓ ท่านคือ นายจำนงค์ ทองประเสริฐ ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง และนายสนิท ศรีสำแดง ผู้บริหารมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมประชุมชี้แจงในคณะกรรมการ คือ พระเมธีธรรมาภรณ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชากากร และมหาสุรพล สุจริโต รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและวางแผน คณะกรรมาธิการประชุมรวม ๕ ครั้ง คือ

ครั้งที่ ๑ วันที่ ๒๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
ครั้งที่ ๒ วันที่ ๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
ครั้งที่ ๓ วันที่ ๗ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
ครั้งที่ ๔ วันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
ครั้งที่ ๕ วันที่ ๒๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๙

ประธานสภาผู้แทนราษฎร ได้บรรจุเรื่องร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่คณะกรรมาธิการพิจารณาเสร็จเรียบร้อยแล้ว เข้าสู่ระเบียบวาระการประชุมสภาผู้แทนราษฎรในวันที่ ๒๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๙ เรื่องอยู่ในอันดับที่ ๔ แต่ยังไม่ทันได้รับการพิจารณาก็ปิดประชุมเสียก่อน

ในวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๓๙ ได้มีพระราชกฤษฎีกายุบสภา รัฐบาลซึ่งมีนายบรรหาร ศิลปอาชาได้สิ้นสุดลง ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์จึงตกไป

ต่อมาในวันที่ ๓ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีได้มีการหนังสือถึงกรมการศาสนาว่า " ถ้ามีความประสงค์จะดำเนินงานต่อ ให้ยืนยันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์และเสนอไปยังสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรีอีกครั้ง "

ในวันที่ ๑๒ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ กรมการศาสนามีหนังสือถึงปลัดกระทรวงศึกษาธิการ ยืนยันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ เพื่อเสนอนายสุขวิช รังสิตพลรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในคณะรัฐบาลที่มี พลเอกชวลิต ยงใจยุทธ เป็นนายกรัฐมนตรี พิจารณาลงนามในหนังสือแจ้งเลขาธิการคณะรัฐมนตรีต่อไป

ในวันที่ ๑๙ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ได้มีหนังสือถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ยืนยันร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ

ในวันที่ ๒๔ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีมีมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ และมีมติให้เสนอสภาผู้แทนราษฎรในวันเดียวกันนั่นเอง โดยไม่ต้องให้คณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาอีก

ในวันที่ ๖ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐ หลังจากที่ได้บรรจุเรื่องร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์เข้าสู่การประชุมสภาผู้แทนราษฎรแล้ว คณะกรรมการประสานงานสภาผู้แทนราษฎร มีมติให้เลื่อนระเบียบวาระเรื่องพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ขึ้นมาพิจารณาในอันดับที่ ๖.๓ , ๖.๔ ในการประชุมสภาผู้แทนราษฎรซึ่งจะมีขึ้นในวันที่ ๘ ธันวาคม โดยมีผู้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสอง คือ คณะรัฐมนตรี นายอำนวย สุวรรณคีรีและคณะ นายณัฐวุฒิ ประเสริฐสุวรรณและคณะ นายเปรมศักดิ์ เพียยุระและคณะ

ในวันที่ ๘ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับและร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) และลงมติด้วยคะแนนเสียงเป็นเอกฉันท์รับหลักการร่างพระราชบัญญัติทั้งสามฉบับ ที่ประชุมได้ตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาแปรญัตติโดยให้ถือร่างของรัฐบาลเป็นหลัก

คณะกรรมาธิการวิสามัญชุดนี้ ประกอบด้วยกรรมาธิการจำนวน ๒๗ ท่าน มีนายสังข์ทอง ศรีธเรศ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เป็นประธาน นายอำนวย สุวรรณคีรี ร.ต.ท. เชาวริน ลัทธศักดิ์ศิริ และนายดุสิต โสภิตชา เป็นรองประธาน มีกรรมการที่เป็นศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ๓ ท่าน คือ นายจำนงค์ ทองประเสริฐ ร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง และนายสนิท ศรีสำแดง เป็นผู้บริหารมหาวิทยาลัยที่เข้าร่วมประชุมชี้แจงในคณะกรรมาธิการ คือ พระราชวรมุนี (ประยูร ธมฺมจิตฺโต) รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ พระมหาสุรพล สุจริโต รองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและวางแผน และพระมหาโกวิทย์ สิริวณฺโณ รองอธิการบดีฝ่ายกิจการวิทยาเขต

คณะกรรมาธิการวิสามัญชุดนี้ได้ประชุมพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ๓ ครั้ง คือ

ครั้งที่ ๑ วันที่ ๑๕ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐
ครั้งที่ ๒ วันที่ ๒๓ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐
ครั้งที่ ๓ วันที่ ๓๐ มกราคม พ.ศ. ๒๕๔๐

ผลการประชุมพิจารณาในครั้งที่ ๓ นี้กล่าวเฉพาะ ในส่วนพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีประเด็นสำคัญที่ควรทราบคือ มาตราที่ ๖ ความเดิมวรรคหนึ่งมีว่า " ให้จัดตั้งมหาวิทยาลัยขึ้นมหาวิทยาลัยหนึ่งเรียกว่ามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยและเป็นนิติบุคคลอยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ " คณะกรรมาธิการได้ขอแปรญัตติตัดคำว่า " อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ " ที่ประชุมพิจารณาเห็นว่า การจะให้มหาวิทยาลัยอยู่ในพระบรมราชูปภัมภ์ควรเป็นไปตามพระราชวินิจฉัยขององค์พระมหากษัตริย์ การตรากฎหมายกำหนดให้อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์เป็นเรื่องไม่เหมาะสม เมื่อได้อภิปรายกันแล้ว ที่ประชุมมีมติให้ตัดคำว่า " อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ " ออกไป

เมื่อคณะกรรมการพิจารณาเสร็จแล้ว นายสังข์ทอง ศรีธเรศประธานคณะกรรมาธิการได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมถึงประธานสภาผู้แทนราษฎร ในวันที่ ๕ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ เพื่อเสนอสภาผู้แทนราษฎรต่อไป

ในวันที่ ๑๒ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติทั้งสามฉบับซึ่งคณะกรรมาธิการวิสามัญได้พิจารณาเสร็จแล้วลงมติในวาระที่ ๒ และที่ ๓ เห็นชอบกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยทั้งสองฉบับและร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ด้วยคะแนนเสียงเป็นเอกฉันท์

ในวันที่ ๒๐ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมวุฒิสภา ได้ลงมติรับหลักการร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) และมอบให้คณะกรรมาธิการการศึกษาและวัฒนธรรมของวุฒิสภาพิจารณาแปรญัติภายใน ๕ วัน

คณะกรรมาธิการชุดนี้จำนวน ๑๗ คน มีนายเกษม สุวรรณกุลเป็นประธานมีนายสิปนนท์ เกตุทัต และนายวิจิตร ศรีสอ้านเป็นรองประธาน นายจำนงค์ ทองประเสริฐเป็นเลขานุการ ผู้แทนมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยเข้าร่วมประชุมชี้แจงแสดงความเห็น ๔ ท่าน คือ พระราชวรมุนี พระมหาสุรพล สุจริโต พระมหาโกวิทย์ สิริวณ?โณ และพระมหาไสว โชติโก คณะกรรมาธิการได้ประชุม ๕ ครั้ง คือ

ครั้งที่ ๑ วันที่ ๗ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
ครั้งที่ ๒ วันที่ ๑๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
ครั้งที่ ๓ วันที่ ๔ เมษายน พ.ศ. ๒๕๔๐
ครั้งที่ ๔ วันที่ ๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๙
ครั้งที่ ๕ วันที่ ๑๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๔๐

ในวันที่ ๑๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๐ นายเกษม สุวรรณกุล ประธานคณะกรรมการการศึกษาวัฒนธรรมได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ต่อวุฒิสภาเพื่อพิจารณา

ในวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรรับทราบมติของวุฒิสภาเกี่ยวกับร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้จึงสำเร็จเป็นกฎหมายไปก่อน แต่เนื่องจากที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรเห็นว่า ร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ที่ผ่านการพิจารณา ของวุฒิสภาแล้วนั่น มีแก้ไขเพิ่มเติม ๑๙ มาตรา บางมาตราเป็นการแก้ไขเพิ่มเติมในสาระสำคัญ โดยเฉพาะมาตรา ๗ ความเดิมมีว่า " มหาวิทยาลัยไม่เป็นส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจ ตามกฎหมายว่าด้วยวิธีงบประมาณหรือกฎหมายอื่น " วุฒิสภาได้แก้ไขเป็น " มหาวิทยาลัยไม่เป็นส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจ " ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรจึงมีมติให้ตั้งคณะกรรมการร่วมกัน เพื่อพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ ประกอบด้วยกรรมาธิการจำนวน ๒๒ คน คณะกรรมาธิการชุดนี้มีนายสังข์ทอง ศรีธเรศเป็นประธาน นายสุรัฐ ศิลปอนันต์ และนายวิจิตร ศรีสอ้าน เป็นรองประธาน ร้อยโท กุเทพ ใสกระจ่าง เป็นเลขานุการ

พระราชวรมุนี อธิการบดีมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้มีหนังสือลงวันที่ ๒๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ถึงนายสังข์ทอง ศรีธเรศ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการว่า การที่พระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติม ผ่านรัฐสภาเป็นกฎหมายไปแล้ว ทั้งที่พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ยังค้างอยู่นั้นก่อนให้เกิดปัญหาต่อมา ถ้าพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ตกไปเพราะเหตุใดเหตุหนึ่ง จะมีผลให้การดำเนินงานทั้งหมดของมหาวิทยาลัยสงฆ์ไม่มีกฎหมายรองรับ เพราะประเด็นที่เกี่ยวกับมหาวิทยาลัยสงฆ์ในพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา ฉบับแก้ไขเพิ่มเติมได้ถูกตัดออกไป

ต่อมาคณะกรรมาธิการร่วมกันพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ ได้มีการประชุม ๒ ครั้ง คือ

ครั้งที่ ๑ วันที่ ๓๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๐
ครั้งที่ ๒ วันที่ ๖ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐

ประเด็นเกี่ยวกับมาตรา ๗ นั้น ที่ประชุมคณะกรรมาธิการร่วมมีมติแก้ไขเพิ่มเติมว่า " ให้มหาวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ "

ในวันที่ ๘ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ นายสังข์ทอง ศรีธเรศ ได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับที่ผ่านการพิจารณาของคณะกรรมาธิการแล้วต่อสภาผู้แทนราษฎรอีกครั้งหนึ่ง

ในวันที่ ๒๐ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎร มีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ

ในวันที่ ๒๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ที่ประชุมวุฒิสภามีมติเห็นชอบต่อจากนั้น เลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร ได้ส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ทั้งสองฉบับ และร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) ถึงเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ให้นำขึ้นทูลเกล้าฯ เพื่อทรงลงพระปรมาภิไธย

ในวันที่ ๒๑ กันยายน พ.ศ. ๒๕๔๐ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชฯ รัชกาลปัจจุบัน ได้ทรงลงพระปรมาภิไธยในพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองฉบับ คือ พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ และพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ และพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๔๐

ในวันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ พระราชบัญญัติทั้งสามฉบับประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๔ ตอนที่ ๕๑