ต่อมาในวันที่ ๒๕ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๒๖ สมัยรัฐบาลของพลเอกเปรม ติณสูลานนท์ นายชำเลือง วุฒิจันทร์ อธิบดีการการศาสนา ได้นำเรื่องการรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยค และปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง เสนอกระทรวงศึกษาธิการ เพื่อพิจารณาดำเนินการ นายสมาน แสงมะลิ ปลัดกระทรวงศึกษาธิการได้เสนอเรื่องนี้ ต่อที่ประชุมอธิบดี เมื่อวันที่ ๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๒๖ ที่ประชุมอธิบดีมีมติเห็นชอบในหลักการที่จะรับรองวุฒ ิเปรียญธรรม ๙ ประโยค และปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ ทั้งสองแห่ง และมอบหมาย ให้การการศาสนาดำเนินงาน โดยให้ประสานงาน กับทบวงมหาวิทยาลัย และสำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.)

สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือนเสนอว่า ก่อนที่จะรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง กระทรวงการศึกษาธิการ ควรเทียบวุฒิ เปรียญธรรมประโยคต่างๆ กับวุฒิการศึกษาตามหลักสูตรมัธยมศึกษาในระบบโรงเรียน จากนั้นก็ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการลงวันที่ ๒๒ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๒๖ เรื่องการเทียบความรู้วุฒิเปรียญธรรม ดังนี้ คือ เปรียญธรรม ๓ ประโยค (ป.ธ. ๓) เทียบเท่ามัธยมศึกษาตอนต้น (ม.๓) และเปรียญธรรม ๕ ประโยค (ป.ธ. ๕) เทียบเท่ามัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.๖)

ต่อมาในวันที่ ๙ กันยายน ๒๕๒๖ นายสวัสดิ์ คำประกอบ สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ได้เสนอร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา เพื่อเข้าสู่การพิจารณาของสภาผู้แทนราษฎร ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้คล้ายกับพระราชบัญยัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการทหาร พ.ศ. ๒๔๙๗ และพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการตำรวจ พ.ศ. ๒๕๑๗ สาระสำคัญของร่างพระราชบัญญัติฉบับคือกำหนดให้เปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งมีศักดิ์และสิทธิเท่าปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยทั่วไป

สำนักงานเลขาธิการรัฐสภาได้ส่งร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ให้สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรีพิจารณาล่วงหน้า สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรี ได้ส่งเรื่องให้กระทรวงศึกษาธิการพิจารณาเมื่อวันที่ ๒๘ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๖ และกระทรวงศึกษาธิการส่งเรื่องต่อให้กรมการศาสนาพิจารณา เมื่อวันที่ ๒ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๖

กรมการศาสนาพิจารณาแก้ไขร่างพระราชบัญญัติแล้วส่งเรื่องกลับกระทรวงศึกษาธิการ กระทรวงศึกษาธิการได้ทำเรื่องเสนอต่อไปยังสำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๑๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๒๖

ในวันที่ ๒๗ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ คณะรัฐมนตรีซึ่งมี พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ……ของกระทรวงศึกษาธิการแล้วมีมติรับหลักการและให้ส่งคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาต่อไป

ในวันที่ ๑๒ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ สมาคมศิษย์เก่ามหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้จัดประชุมสัมมนาเรื่องสถานภาพของมหาวิทยาลัยสงฆ์ ณ สำนักธรรมวิจัยโดยอาราธนาพระราชวรมุนี (ประยุทธ์ ปยุตฺโต) บรรยายเรื่อง " ความเป็นมาของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ " ที่ประชุมได้เสนอให้ตั้งคณะกรรมการประสานงาน ของพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงฆ์ ขึ้นมาคณะหนึ่ง มีนายจำนงค์ ทองประเสริฐ เป็นประธาน

คณะกรรมการชุดนี้ประชุมครั้งแรกเมื่อวันที่ ๒๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมแสดงความห่วงใยว่า ร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนาที่คณะรัฐมนตรี เห็นชอบนั้นไม่มีการรับรองสถานภาพ มหาวิทยาลัยสงฆ์สาระสำคัญอยู่ที่การรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคและปริญญาตรีจากมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่ง ที่ประชุมได้รับทราบมติของคณะกรรมการกฤษฎีกาที่ว่า ร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ไม่สามารถรับรองสถานภาพของมหาวิทยาลัยสงฆ์ เพราะมีเรื่องการรับรองวุฒิเปรียญธรรม ๙ ประโยคพ่วงเข้ามา

ในวันที่ ๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรครั้งที่ ๑๑/๒๕๒๗ ได้พิจารณา ร่างพระราชบัญญัติกำหนดวิทยาฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ.... ซึ่งมี ๔ ฉบับคือร่างพระราชบัญญัติที่เสนอโดยรัฐบาล นายสวัสดิ์ คำประกอบ นายนิยม วรปัญญา นายณรงค์ นุ่นทอง แล้วมีมติรับหลักการและตั้งคณะกรรมาธิการวิสามัญคณะหนึ่งเพื่อพิจารณาโดยใช้รางของรัฐบาลเป็นหลัก

คณะกรรมาธิการวิสามัญจำนวน ๒๕ ท่าน มี นายสัมพันธ์ ทองสมัคร เป็นประธาน นายชำเลือง วุฒิจันทร์ เป็นเลขานุการ และมีนายจำนงค์ ทองประเสริฐ นายสิริ เพ็ชรไชย นายมาณพ พลไพรินทร์ ร่วมเป็นกรรมาธิการในคณะนี้ คณะกรรมาธิการใช้เวลาพิจารณาเพียง ๑ เดือนก็เสนอสภาผู้แทนราษฎร

ในวันที่ ๓๑ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๒๗ ที่ประชุมสภาผู้แทนราษฎรครั้งที่ ๒/๒๕๒๗ (สมัยวิสามัญ) ได้ลงมติเห็นชอบในวาระที่ ๒ และ ๓ แล้วให้เสนอต่อวุฒิสภาเพื่อพิจารณา

ในวันที่ ๓ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๗ วุฒิสภาพิจารณาให้ความเห็นชอบผ่านร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ พระมหากษัตริย์ทรงลงพระปรมาภิไธยในร่างพระราชบัญญัติฉบับนี้ โดยมีพลเอกประจวบ สุนทรางกูร รองนายกรัฐมนตรีเป็นผู้รับสนองพระบรมราชโองการเมื่อวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๗ พระราชบัญญัติฉบับนี้มี ๑๓ มาตรา ประกาศในราชกิจจานุเบกษาฉบับพิเศษ เล่ม ๑๐๑ ตอนที่ ๑๔๐ วันที่ ๘ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๗

สาระสำคัญของพระราชบัญญัติฉบับนี้คือรับรองวิทยฐานะเปรียญธรรม ๙ ประโยค และปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้งสองแห่งให้มีศักดิ์ และสิทธิเท่าปริญญาตรีของมหาวิทยาลัยทั่วไป และให้มีคณะกรรมการการศึกษาของคณะสงฆ์เป็นผู้ควบคุมดูแลการจัดการศึกษามหาวิทยาลัยสงฆ์