มหาวิทยาลัยนาลันทามีชื่อเสียงเพราะมีคณะ "อภิปรายโต้ตอบ" คือ ครูบาอาจารย์และนักศึกษาได้แลกเปลี่ยนความรู้ซึ่งกันและกัน คณะนี้เป็นที่สนใจของนักศึกษาทั้งในอินเดีย ในตะวันออกไกล และในธิเบต ดังที่สมณจีนเฮี้นจั๋งบันทึกไว้ว่า การเรียนและอภิปรายทำให้ดูเหมือนวันหนึ่งๆ มีเวลาน้อยไป๗ การศึกษาเป็นไปอย่างเสรี ครูและนักเรียนมีเสรีภาพในการแสดงความคิดเห็นอย่างเต็มที่ การอภิปรายและโต้วาทะเป็นกิจกรรมที่นิยมและแพร่หลายยิ่ง๘ การเรียนการสอนในลักษณะเช่นนี้ทำให้เกิดนักคิดทางพุทธปรัชญาสำคัญ โดยเฉพาะทางด้านมหายาน ในที่นี้จะขอกล่าวนักคิดที่มีชื่อเสียง ๓ ท่าน ซึ่งถือว่าเป็นผลผลิตของมหาวิทยาลัย นาลันทา คือ :-

๑. นาคารชุน เกิดในวรรณะพราหมณ์ ทางอินเดียใต้ ประมาณ พ.ศ. ๗๐๐ ได้เรียนคัมภีร์ไตรเพทจนจบ ต่อมาได้ศึกษาวิชาพระพุทธศาสนากับกบิมาลา เริ่มการศึกษาที่นาลันทาภายหลังจึงบวชเป็นพระภิกษุ ท่านได้สร้างยุคใหม่ในประวัติศาสตร์พุทธปรัชญา คือ ท่านได้ก่อตั้งพุทธปรัชญานิกาย มัธยามิกขึ้น หรือเรียก อีกอย่างหนึ่งว่า นิกายศูนยวาท ตำรา ทางพุทธปรัชญาของท่านที่สำคัญ คือ มาธยมิกการิกา หรือมาธยมิกศาสตร์ และท่านเองได้เขียนอรรถกถาแก้งานของท่าน ชื่อ อกุโตภยา ถือว่าเป็นงานยิ่งใหญ่ทำให้ท่านมีชื่อเสียงได้รับการยอมรับ นอกจากนี้ท่านก็ยังมีศิษย์คนสำคัญและนักคิดที่มีชื่อเสียงอื่นๆ ได้พัฒนาปรัชญามาธยมิกให้เจริญต่อมาคือ อารยเทวะ, จันทรกีรติ ศานติเทวะ, ศานตรักษิตะ และกมลศีล๙
๒. อสังคะ และ วสุพันธุ น้องชายของ อสังคะ ซึ่งมีชีวิตอยู่ในคริสตวรรษที่ ๔ โดยเฉพาะอสังคะนั้นได้ศึกษาอยู่ที่นาลันทาเป็นเวลา ๑๒ ปี ท่านเกิดในสกุลพราหมณ์ เกาศิกโคตร และได้รับการศึกษาในศาสนาพราหมณ์เป็นอย่างดี ท่านทั้งสองได้ศึกษาวิภาษศาสตร์ ในแคว้นกัษมีระ ครั้งแรกทั้งสองท่านเป็นภิกษุในนิกายสรวาสติวาท อสังคะ เป็นอาจารย์องค์สำคัญของปรัชญาสำนักโยคาจารหรือ วิชญาณวาท ท่านได้ชักชวนน้องชายของท่านให้ทิ้งนิกาย สรวาสติวาทมานับถือในนิกายใหม่นี้ อสังคะเป็นศิษย์คนสำคัญของพระไมตรียนาถ หนังสือที่สำคัญที่สุดของท่านคือ มหายานสัมปริครหะ, ประกรณอารยวาจา, โยคาจารภูมิศาสตร์ และ มหายานสูตราลังการ ๒ เล่ม ส่วนวสุพันธุ น้องชายของท่านมีหนังสือที่สำคัญคือ อภิธรรมโกศะ บรรดาศิษย์ของวสุพันธุที่ควรกล่าว คือ สถิมติ ธรรมปาละ และจันทรกีรติศิษย์ของธรรมปาละ๑๐
๓. ทินนาคะ และ ธรรมกีรติ ทินนาคะ เป็นผู้ก่อตั้งตรรกศาสตร์ทางพระพุทธศาสนาขึ้น ท่านเกิดในสกุลพราหมณ์ ในภาคใต้ ครั้งแรกท่านเป็นภิกษุฝ่ายหีนยานในนิกายวาตสีปุตรียะ ภายหลังได้กลับใจนับถือพระพุทธศาสนาฝ่ายมหายานตามหลักฐานทิเบต ท่านเป็นลูกศิษย์ของท่านวสุพันธุ ท่านได้เดินทางไปศึกษาที่ นาลันทามหาวิทยาลัย ได้แต่งตำราทางตรรกศาสตร์ประมาณ ๑๐๐ เล่ม หนังสือเหล่านี้ส่วนมากเป็นคำแปลภาษาจีนและภาษาทิเบตต้นฉบับดั่งเดิมภาษาสันสกฤตสูญหายไป หนังสือที่สำคัญของท่านคือ ประมาณสมุจจัย, นยาย- ประเวศ, เหตุจักรทมรุ ธรรมกีรติ ท่านเกิดในหมู่บ้านชื่อ ติรุมไล ในแคว้นโจฬะ เป็นทายาทของทินนาคะและเป็นนักตรรกศาสตร์ชาวพุทธที่หาตัวจับยาก ธรรมกีรติมีชีวิตอยู่ในศตวรรษที่ ๗ ท่านได้ศึกษาตรรกศาสตร์จากพระอีศวรเสน ผู้เป็นศิษย์ของทินนาคะ ในภายหลังท่านได้ไปศึกษาที่นาลันทา มหาวิหาร และเป็นศิษย์ของท่านพระธรรมปาละ ผลงานที่สำคัญของท่านคือ ประมาณ วินิศจัย, นยายพินทุ, สัมพันธ ปรีกษา, เหตุพินทุ วาทนยายะ และสมานันตร- สิทธิ๑๑
เมื่อนาลันทาพัฒนาเป็นมหาวิทยาลัย วัดแล้ว ชื่อเสียงปรากฏขจรไป ได้รับการยอมรับในฐานะเป็นแหล่งศึกษาชั้นสูง (seat and seminar of higher learning)ทำให้พระสงฆ์นักปราชญ์ต่างชาติ เช่น จีน ญี่ปุ่น เกาหลี มองโกเลีย ตุขาระ ธิเบต และศรีลังกาเป็นต้น เดินทางมาอินเดียเพื่อศึกษาวิชาชั้นสูง(higher studies) ที่นาลันทา
หลักสูตรไม่ได้เป็นอย่างที่มหาวิทยาลัยในปัจจุบันจัดกัน นาลันทาก้าวขึ้นสู่ระดับนานาชาติเพราะเป็นศูนย์การศึกษาระดับหลังปริญญา(ประกาศนียบัตรบัณฑิต, ปริญญาโท และปริญญาเอก) กระบวนการเรียนการสอนเน้นบูรณาการหลักวิชาการทุกสาขาเข้าด้วยกัน๑๒
นาลันทามีสถานะ ๒ อย่างในขณะเดียวกัน คือ (๑) เป็นวัด-วิหาร (๒)เป็นศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาและวิชาการอื่นๆ สัญลักษณ์ที่บ่งถึงความเป็นพุทธะคือ ตราสัญลักษณ์รูปธรรมจักรขนาบด้วยรูปกวาง ๒ ตัว (emblem, dharmacakra flanked by two gazelles)๑๓นาลันทามีสถานะ ๒ อย่างในขณะเดียวกัน คือ (๑) เป็นวัด-วิหาร (๒)เป็นศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาและวิชาการอื่นๆ สัญลักษณ์ที่บ่งถึงความเป็นพุทธะคือ ตราสัญลักษณ์รูปธรรมจักรขนาบด้วยรูปกวาง ๒ ตัว (emblem, dharmacakra flanked by two gazelles)๑๓
พระพุทธศาสนาแตกเป็นนิกายต่างๆ เพราะการศึกษาอธิบายพุทธธรรมเชิงปรัชญา ซึ่งปรากฏการณ์เช่นนี้เกิดขึ้นหลังพุทธปรินิพพาน งานเขียนสีหลของท่านธรรมเกียรติ ชื่อ นิกายสังครหะ บอกให้ทราบว่า หลังตติยสังคายนา ภิกษุนอกรีตบางกลุ่ม เดินทางมาที่นาลันทา สร้างนิกายขึ้นมาใหม่ ชื่อว่า มหาสังฆิกะ แย้งกับสำนักสถวีรวาทต่อมานาลันทาได้รับการ พัฒนาเป็นศูนย์ของสำนักสรวาสติวาท หรือมหายาน ในขณะที่โอทันตบุรีเป็นศูนย์ของวัชรยานและสหัชยาน เพราะฉะนั้น นาลันทาจึงชื่อว่าเป็นแหล่งเพาะบ่มแนวคิดเชิงพุทธปรัชญามาแล้วในสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช ภาพลักษณ์นี้ยิ่งปรากฏชัดยิ่งขึ้นในสมัยแห่งนาคารชุน นิสิตที่ศึกษาอยู่ในนาลันทา ไม่ว่าจะเรียนสาขาใด ต้องเรียนวิชาบังคับ คือ ปรัชญามหายาน นาลันทาจึงเป็นแหล่งแห่งปรัชญามหายานอย่างแท้จริง๑๔