๑. พระวินัยปิฎก ประมวลพุทธพจน์ หมวดพระวินัย คือพุทธบัญญัติเกี่ยวกับความประพฤติ ความเป็นอยู่ ขนบธรรมเนียมและการดำเนินกิจการต่างๆ ของภิกษุสงฆ์แบ่งเป็น ๕ คัมภีร์ (เรียกย่อ หรือหัวใจว่า อา. ปา. ม. จุ. ป.) คือ
๑) อาทิกัมมิกะ หรือ ปาราชิก ว่าด้วยสิกขาบทที่เกี่ยวกับอาบัติหนักของฝ่ายภิกษุสงฆ์ ตั้งแต่ปาราชิกถึงอนิยต
๒) ปาจิตตีย์ ว่าด้วยสิกขาบทที่เกี่ยวกับอาบัติเบา ตั้งแต่นิสสัคคียปาจิตตีย์ถึงเสขิยะ รวมตลอดทั้งภิกขุนีวิภังค์ทั้งหมด
๓) มหาวรรค ว่าด้วยสิกขาบทนอกพระปาฏิโมกข์ตอนต้น ๑๐ ขันธกะ หรือ ๑๐ ตอน
๔) จุลวรรค ว่าด้วยสิกขาบทนอกพระปาฏิโมกข์ตอนปลาย ๑๒ ขันธกะ
๕) ปริวาร คัมภีร์ประกอบหรือคู่มือ บรรจุคำถามคำตอบสำหรับซ้อมความรู้พระวินัย

พระไตรปิฎกนี้ แบ่งอีกแบบหนึ่งเป็น ๕ คัมภีร์เหมือนกัน (จัด ๒ ข้อ ในแบบต้นนั้นใหม่) คือ
๑) มหาวิภังค์ หรือภิกขุวิภังค์ ว่าด้วยสิกขาบทพระปาฏิโมกข์ (ศีล ๒๒๗ บาลีพระไตรปิฎก
ข้อ) ฝ่ายภิกษุสงฆ์
๒) ภิกขุนีวิภังค์ ว่าด้วยสิกขาบท ในพระปาฏิโมกข์ (ศีล ๓๑๑ ข้อ) ฝ่ายภิกษุณีสงฆ์
๓) มหาวรรค
๔) จุลวรรค
๕) ปริวาร

บางท่านจัดให้ย่นย่อเข้าอีก แบ่งพระวินัยปิฎกเป็น ๓ หมวด คือ
๑) วิภังค์ ว่าด้วยสิกขาบทในพระปาฏิโมกข์ทั้งฝ่ายภิกษุสงฆ์และฝ่ายภิกษุณีสงฆ์ (คือรวมข้อ ๑ และ ๒ ข้างต้นทั้งสองแบบเข้าด้วยกัน)
๒) ขันธกะ ว่าด้วยสิกขาบทนอกพระปาฏิโมกข์ มี ๒๒ ขันธกะ หรือ ๒๒ บทตอน (คือรวมข้อ ๓ และ ๔ เข้าด้วยกัน)
๓) ปริวาร คัมภีร์ประกอบ (คือข้อ ๕ ข้างต้น)

๒. พระสุตตันตปิฎก ประมวลพุทธพจน์หมวดพระสูตร คือ พระธรรม เทศนา คำบรรยายธรรมต่างๆ ที่ตรัสยักเยื้องให้เหมาะกับบุคคลและโอกาสตลอดบทประพันธ์ เรื่องเล่า และเรื่องราวทั้งหลายที่เป็นชั้นเดิมในพระพุทธศาสนา แบ่งเป็น ๕ นิกาย (เรียกย่อหรือหัวใจว่า ที. ม. สํ. อํ. ขุ.) คือ.-
๑) ทีฆนิกาย ชุมนุมพระสูตรที่มีขนาดยาว ๓๔ สูตร
๒) มัชฌิมนิกาย ชุมนุมพระสูตรที่มีความยาวปานกลาง ๕๑๒ สูตร
๓) สังยุตตนิกาย ชุมนุมพระสูตรที่จัดรวมเข้าเป็นกลุ่มๆ เรียกว่าสังยุตต์ หนึ่งๆ ตามเรื่องที่เนื่องกัน หรือตามหัวข้อหรือบุคคลที่เกี่ยวข้องรวม ๕๖ สังยุตต์ มี ๗,๗๖๒ สูตร
๔) อังคุตตรนิกาย ชุมนุมพระสูตรที่จัดรวมเข้าเป็นหมวดๆ เรียกว่านิบาตหนึ่งๆ ตามลำดับจำนวนหัวข้อธรรม รวม ๑๑ นิบาต หรือ ๑๑ หมวดธรรม มี ๙,๕๕๗ สูตร
๕) ขุททกนิกาย ชุมนุมพระสูตรคาถาภาษิต คำอธิบาย และเรื่องราว เบ็ดเตล็ด ที่จัดเข้าในสี่นิกายแรกไม่ได้ มี ๑๕ คัมภีร์

๓. พระอภิธรรมปิฎก ประมวลพุทธพจน์หมวดพระอภิธรรม คือหลักธรรมและคำอธิบาย ที่เป็นหลักวิชาล้วนๆ ไม่เกี่ยวด้วยบุคคลหรือเหตุการณ์ แบ่งเป็น ๗ คัมภีร์ (เรียกย่อหรือหัวใจว่า สัง.วิ.ธา.ปุ.ก.ย.ป.) คือ.-
๑) สังคณี หรือ ธัมมสังคณี รวมข้อธรรมเข้าเป็นหมวดหมู่แล้วอธิบายทีละประเภทๆ
๒) วิภังค์ ยกหมวดธรรมสำคัญๆ ขึ้นตั้งเป็นหัวเรื่องแล้วแยกแยะออกอธิบายชี้แจงวินิจฉัยโดยละเอียด
๓) ธาตุกถา สงเคราะห์ข้อธรรมต่างๆ เข้าในขันธ์ อายตนะ ธาตุ
๔) ปุคคลบัญญัติ บัญญัติความหมายของบุคคลประเภทต่างๆ ตามคุณธรรมที่มีอยู่ในบุคคลนั้นๆ
๕) กถาวัตถุแถลงและวินิจฉัยทัศนะของนิกายต่างๆ สมัยสังคายนาครั้งที่ ๓
๖) ยมก ยกหัวข้อธรรมขึ้นวินิจฉัยด้วยวิธีถามตอบ โดยตั้งคำถามย้อนกันเป็นคู่ๆ
๗) ปัฏฐาน หรือมหาปกรณ์ อธิบายปัจจัย ๒๔ แสดงความสัมพันธ์เนื่องอาศัยกันแห่งธรรมทั้งหลายโดยพิสดาร
พระไตรปิฎกที่พิมพ์ด้วยอักษรไทย ท่านจัดแบ่งเป็น ๔๕ เล่ม แสดงพอให้เห็นรูปเค้าดังนี้

ก. พระวินัยปิฎก ๘ เล่ม
เล่ม ๑ มหาวิภังค์ ภาค ๑ ว่าด้วยปาราชิก สังฆาทิเสส และอนิยตสิกขาบท (สิกขาบทในปาฏิโมกข์ฝ่ายภิกษุสงฆ์ ๑๙ ข้อแรก)

เล่ม ๒ มหาวิภังค์ ภาค ๒ ว่าด้วยสิกขาบทเกี่ยวกับอาบัติเบาของภิกษุ (เป็นอันครบสิกขาบท ๒๒๐ หรือ ๒๒๗)

เล่ม ๓ ภิกขุนีวิภังค์ ว่าด้วยสิกขาบท ๓๑๑ ของภิกษุณี

เล่ม ๔ มหาวรรค ภาค ๑ มี ๔ ขันธกะ ว่าด้วยการอุปสมบท (เริ่มเรื่องตั้งแต่ตรัสรู้และประดิษฐานพระศาสนา) อุโบสถ จำพรรษา และปวารณา

เล่ม ๕ มหาวรรคภาค ๒ มี ๖ ขันธกะว่า ว่าด้วยเรื่องเครื่องหนัง เภสัชกฐิน จีวร นิคหกรรม และ การทะเลาะวิวาทและสามัคคี

เล่ม ๖ จุลวรรค ภาค ๑ มี ๔ ขันธกะ ว่าด้วยเรื่องนิคหกรรม วุฏฐานวิธี และการระงับอธิกรณ์

เล่ม ๗ จุลวรรค ภาค ๒ มี ๘ ขันธกะ ว่าด้วยข้อบัญญัติปลีกย่อยเรื่อง เสนาสนะ สังฆเภท วัตรต่างๆ การงดสวดปาฏิโมกข์ เรื่องภิกษุณี เรื่องสังคายนา ครั้งที่ ๑ และครั้งที่ ๒

เล่ม ๘ ปริวาร คู่มือถามตอบซ้อมความรู้พระวินัย

ข. พระสุตตันตปิฎก ๒๕ เล่ม

๑) ทีฆนิกาย ๓ เล่ม

เล่ม ๙ สีลขันธวรรค มีพระสูตรขนาดยาว ๑๓ สูตร หลายสูตรกล่าวถึงจุลศีล มัชฌิมศีล มหาศีล

เล่ม ๑๐ มหาวรรค มีพระสูตรยาว ๑๐ สูตร ส่วนมากชื่อเริ่มด้วย "มหา" เช่น มหาปรินิพพานสูตร, มหาสติปัฏฐานสูตร

เล่ม ๑๑ ปาฏิกวรรค มีพระสูตรยาว ๑๑ สูตร เริ่มต้นปาฏิกสูตรหลายสูตรมีชื่อเสียง เช่น จักกวัตติสูตร สิงคาลกสูตร สังคีติสูตร

๒) มัชฌิมนิกาย ๓ เล่ม

เล่ม ๑๒ มูลปัณณาสก์ บั้นต้น มีพระสูตรขนาดกลาง ๕๐ สูตร

เล่ม ๑๓ มัชฌิมปัณณาสก์ บั้นกลาง มีพระสูตรขนาดกลาง ๕๐ สูตร

เล่ม ๑๔ อุปริปัณณาสก์ บั้นปลาย มีพระสูตรขนาดกลาง ๕๒ สูตร

๓) สังยุตตนิกาย ๕ เล่ม

เล่ม ๑๕ สคาถวรรค รวมคาถาภาษิต ที่ตรัสและกล่าวตอบบุคคลต่างๆ เช่น เทวดา มาร ภิกษุณี พราหมณ์ พระเจ้าโกศล จัดเป็น กลุ่มเรื่องตามบุคคลและสถานที่ มี ๑๑ สังยุตต์

เล่ม ๑๖ นิทานวรรค ครึ่งเล่มว่าด้วยเหตุปัจจัย คือหลักปฏิจจสมุปบาท นอกนั้นมีเรื่องธาตุ การบรรลุธรรม สังสารวัฏ ลาภสักการะเป็นต้น จัดเป็น ๑๐ สังยุตต์

เล่ม ๑๗ ขันธวารวรรค ว่าด้วยเรื่องขันธ์ ๕ ในแง่มุมต่างๆ มีเรื่องเบ็ดเตล็ดรวมทั้งเรื่องสมาธิและทิฏฐิต่างๆ ปะปนอยู่บ้าง จัดเป็น ๑๓ สังยุตต์

เล่ม ๑๘ สฬายตนวรรค เกือบครึ่งเล่มว่าด้วยอายตนะ ๖ ตามแนวไตรลักษณ์ เรื่องอื่นมีเบญจศีล ข้อปฏิบัติให้ถึง อสังขตะ อันตคาหิกทิฏฐิ เป็นต้น จัดเป็น ๑๐ สังยุตต์

เล่ม ๑๙ มหาวรรค ว่าด้วยโพธิปักขิยธรรม ๓๗ แต่เรียงลำดับเป็นมรรค โพชฌงค์ สติปัฏฐาน อินทรีย์ สัมมัปปธาน พละ อิทธิบาท รวมทั้งเรื่องที่เกี่ยวข้อง เช่น นิวรณ์ สังโยชน์ อริยสัจจ์ ฌาน ตลอดจนองค์คุณของพระโสดาบันและอานิสงส์ของการบรรลุโสดาปัตติผล จัดเป็น ๑๒ สังยุตต์ (พึงสังเกตว่าคัมภีร์นี้เริ่มต้นด้วยการย้ำความมีกัลยาณมิตรเป็นจุดเริ่มต้นเข้าสู่มรรค)

๔) อังคุตตรนิกาย ๕ เล่ม

เล่ม ๒๐ เอก-ทุก-ติกนิบาต ว่าด้วยธรรม หมวด ๑ หมวด ๒ หมวด ๓ รวมทั้งเรื่องเอตทัคคะ

เล่ม ๒๑ จตุกกนิบาต ว่าด้วยธรรมหมวด ๔

เล่ม ๒๒ ปัญจก-ฉักกนิบาต ว่าด้วยธรรมหมวด ๕-๖

เล่ม ๒๓ สัตตก-อัฏฐก-นวกนิบาต ว่าด้วยธรรมหมวด ๗-๘-๙

เล่ม ๒๔ ทสก-เอกาทสนิบาต ว่าด้วยธรรมหมวด ๑๐-๑๑

ในอังคุตตรนิกายมีข้อธรรมหลากหลายลักษณะ ตั้งแต่ทิฏฐธัมมิกัตถะ ถึง ปรมัตถะ ทั้งสำหรับบรรพชิตและสำหรับคฤหัสถ์ กระจายกันอยู่โดยเรียงตามจำนวน

๕) ขุททกนิกาย ๙ เล่ม

เล่ม ๒๕ รวมคัมภีร์ย่อย ๕ เล่ม คือ
- ขุททกปาฐะ (บทสวดย่อยๆ โดยเฉพาะมงคลสูตร รตนสูตร กรณีย เมตตสูตร)
- ธรรมบท (เฉพาะตัวคาถาทั้ง ๔๒๓)
- อุทาน (พุทธอุทาน ๘๐)
- อิติวุตติกะ (พระสูตร ที่ไม่ขึ้นต้นด้วย "เอวมฺเม สุตํ" แต่เชื่อมความเข้าสู่คาถาด้วยคำว่า "อิติ วุจฺจติ") รวม ๑๑๒ สูตร และ
- สุตตนิบาต (ชุมนุมพระสูตรชุดพิเศษ ซึ่งเป็นคาถาล้วนหรือมีความนำเป็นร้อยแก้ว) รวม ๗๑ สูตร

เล่ม ๒๖ มีคัมภีร์ย่อยที่เป็นคาถาล้วน ๔ คือ
- วิมานวัตถุ (เรื่องผู้เกิดในสวรรค์อยู่วิมาน เล่าการทำความดีของตนในอดีต ที่ทำให้ได้ไปเกิดเช่นนั้น ๘๕ เรื่อง)
- เปตวัตถุ (เรื่องเปรตเล่ากรรมชั่วในอดีตของตน ๕๑ เรื่อง)
- เถรคาถา (คาถาของพระอรหันตเถระ ๒๖๔ รูป ที่กล่าวแสดงความ รู้สึกสงบประณีต ในการบรรลุธรรม เป็นต้น)
- เถรีคาถา (คาถาของพระอรหันตเถรี ๗๓ รูป ที่กล่าวแสดงความรู้สึกเช่นนั้น)

เล่ม ๒๗ ชาดก ภาค ๑ รวมคาถาแสดงคติธรรมที่พระพุทธเจ้าตรัสเมื่อครั้งเป็นพระโพธิสัตว์ในอดีตชาติ และมีคาถาภาษิตของผู้อื่นปนอยู่บ้าง ภาคแรก ตั้งแต่เรื่องที่มีคาถาเดียว (เอกนิบาต) ถึงเรื่องมี ๔๐ คาถา (จัตตาฬีสนิบาต) รวม ๕๒๕ เรื่อง

เล่ม ๒๘ ชาดก ภาค ๒ รวมคาถาอย่างในภาค ๑ นั้น เพิ่มอีก แต่เป็นเรื่องอย่างยาว ตั้งแต่เรื่องมี ๕๐ คาถา (ปัญญาสนิบาต) ถึงเรื่องคาถามากมาย (มหานิบาต) จบลงด้วยมหาเวสสันดรชาดก ซึ่งมี ๑,๐๐๐ คาถา รวมอีก ๒๒ เรื่อง บรรจบทั้งสองภาค เป็น ๕๔๗ ชาดก

เล่ม ๒๙ มหานิทเทส ภาษิตของพระสารีบุตรอธิบายขยายความพระสูตร ๑๖ สูตร ในอัฏฐกวรรคแห่งสุตตนิบาต

เล่ม ๓๐ จูฬนิทเทส ภาษิตของพระสารีบุตรขยายความพระสูตร ๑๖ สูตร ในปารายนวรรค และขัคควิสาณสูตในอุรควรรค แห่งสุตตนิบาต

เล่ม ๓๑ ปฏิสัมภิทามรรค ภาษิตของพระสารีบุตรอธิบายข้อธรรมที่ลึกซึ้งต่างๆ เช่นเรื่อง ญาณ ทิฏฐิ อานาปานอินทรีย์ วิโมกข์ อย่างพิสดาร เป็นทางแห่งปัญญาแตกฉาน

เล่ม ๓๒ อปทาน ภาค ๑ คาถาประพันธ์แสดงประวัติโดยเฉพาะในอดีตชาติ เริ่มด้วยพุทธอปทาน (ประวัติของพระพุทธเจ้า) ปัจเจกพุทธอปทาน (เรื่องราวของพระปัจเจกพุทธเจ้า) ต่อด้วยเถรอปทาน (อัตตประวัติแห่งพระอรหันตเถระ) เรียงลำดับเริ่มแต่พระสารีบุตร ตามด้วยพระมหาโมคคัลลานะ พระมหากัสสปะ พระอนุรุทธ พระ ปุณณมันตานีบุตร พระอุบาลี พระอัญญาโกณฑัญญะ พระปิณโฑลภารทวาชะ พระขทิรวนิยเรวตะ พระอานนท์ ต่อเรื่อยไปจนจบภาค ๑ รวมพระอรหันตเถระ ๔๑๐ รูป

เล่ม ๓๓ อปาทาน ภาค ๒ คาถาประพันธ์แสดงอัตตประวัติพระอรหันตเถระต่ออีกจนถึงรูปที่ ๕๕๐ ต่อนั้นเป็นเถรีอปทานแสดงเรื่องราวของพระอรหันตเถรี ๔๐ เรื่อง เริ่มด้วยพระเถรีที่ไม่คุ้นนาม ๑๖ รูป ต่อด้วยพระเถรีที่สำคัญ เรียงลำดับคือพระมหาปชาบดีโคตมี พระเขมา พระอุบลวรรณาเถรี พระปฏาจารา พระกุณฑลเกสี พระกีสาโคตมี พระธรรมทินนา พระสกุลา พระนันทา พระโสณา พระภัททกาปิลานี พระยโสธรา และท่านอื่นๆ ต่อไปจนจบ ครั้นจบอปทานแล้ว ท้ายเล่ม ๓๓ นี้ มีคัมภีร์พุทธวงส์เป็นคาถาประพันธ์ แสดงเรื่องของพระพุทธเจ้าในอดีต ๒๔ พระองค์ที่พระพุทธเจ้าพระองค์ปัจจุบันเคยได้ทรงเฝ้าและได้รับพยากรณ์จนถึงประวัติของพระองค์เองรวมเป็นพระพุทธเจ้า ๒๕ พระองค์จบแล้วมีคัมภีร์สั้นๆ ชื่อ จริยาปิฎก เป็นท้ายสุด แสดงพุทธจริยาในอดีตชาติ ๓๕ เรื่องที่มีแล้วในชาดก แต่เล่าด้วยคาถาประพันธ์ใหม่ชี้ตัวอย่างการบำเพ็ญบารมีบางข้อ

ค. พระอภิธรรมปิฎก ๑๒ เล่ม

เล่ม ๓๔ ธัมมสังคณี ต้นเล่มแสดงมาติกา (แม่บท) อันได้แก่บทสรุปแห่งธรรมทั้งหลายที่จัดไปเป็นชุดๆ มีทั้งชุด ๓ เช่น จัดทุกสิ่งทุกอย่างประดามีเป็นกุศล ธรรม อกุศลธรรม อัพยากตธรรม ชุดหนึ่งเป็นอดีตธรรม อนาคตธรรม ปัจจุบันธรรม ชุดหนึ่ง ฯลฯ และชุดที่ ๒ เช่นจัดทุกสิ่งทุกอย่างเป็น สังขตธรรม อสังขตธรรมชุดหนึ่ง รูปธรรม อรูปธรรมชุดหนึ่ง โลกียธรรม โลกุตรธรรมชุดหนึ่งเป็นต้น รวมทั้งหมดมี ๑๖๔ ชุด หรือ ๑๖๔ มาติกา จากนั้นขยายความ มาติกาที่ ๑ เป็นตัวอย่าง แสดงให้เห็นกุศลธรรม อกุศลธรรม และอัพยากตธรรม ที่กระจายออกไปโดย จิต เจตสิก รูป และ นิพพาน ท้ายเล่ม มีอีก ๒ บท แสดงคำอธิบายย่อหรือคำจำกัดความข้อธรรมทั้งหลายในมาติกาที่กล่าวถึงข้างต้น จนครบ ๑๖๔ มาติกา ได้คำจำกัดความข้อธรรมใน ๒ บท เป็น ๒ แบบ (แต่บทท้ายจำกัดความไว้เพียง ๑๒๒ มาติกา)

เล่ม ๓๕ วิภังค์ ยกหลักธรรมสำคัญๆ ขึ้นมาแจกแจงแยกแยะอธิบายกระจายออกให้เห็นทุกแง่จนชัดเจนจบไป เป็นเรื่องๆ รวมอธิบายทั้งหมด ๑๘ เรื่องคือ ขันธ์ ๕ อายตนะ ๑๒ ธาตุ ๑๘ อริยสัจจ์ ๔ อินทรีย์ ๒๒ ปฏิจจสมุปบาท ๑๒ สติปัฏฐาน ๔ สัมมัปปธาน ๔ อิทธิบาท ๔ โพชฌงค์ ๗ มรรคมีองค์ ๘ ฌาน อัปปมัญญา ศีล ๕ ปฏิสัมภิทา ๔ ญาณประเภทต่างๆ และเบ็ดเตล็ดว่าด้วยอกุศลธรรมต่างๆ อธิบายเรื่องใด ก็เรียกว่าวิภังค์ของเรื่องนั้นๆ เช่นอธิบายขันธ์ ๕ ก็เรียกขันธวิภังค์ เป็นต้น รวมมี ๑๘ วิภังค์

เล่ม ๓๖ ธาตุกถา นำข้อธรรมในมาติกาทั้งหลายและข้อธรรมอื่นๆ อีก ๑๒๕ อย่าง มาจัดเข้าในขันธ์ ๕ อายตนะ ๑๒ และธาตุ ๑๘ ว่าข้อใดได้หรือไม่ได้ในอย่างไหนๆ และปุคคลบัญญัติ บัญญัติความหมายของชื่อที่ใช้เรียกบุคคลต่างๆ ตามคุณธรรม เช่นว่า "โสดาบัน" ได้แก่ บุคคลผู้ละสังโยชน์ ๓ ได้แล้ว ดังนี้เป็นต้น

เล่ม ๓๗ กถาวัตถุ คัมภีร์ที่พระโมคคัลลีบุตรติสสเถระ ประธานการสังคายนา ครั้งที่ ๓ เรียบเรียงขึ้น เพื่อแก้ความเห็นผิดของนิกายต่างๆ ในพระพุทธศาสนาครั้งนั้น ซึ่งได้แตกแยกกันออกไปแล้วถึง ๑๘ นิกาย เช่นความเห็นว่า พระอรหันต์เสื่อมจากอรหัตตผลได้ เป็นพระอรหันต์พร้อมกับการเกิดได้ ทุกอย่างเกิดจากกรรม เป็นต้น ประพันธ์เป็น คำปุจฉาวิสัชนา มีทั้งหมด ๒๑๙ กถา

เล่ม ๓๘ ยมก ภาค ๑ คัมภีร์อธิบายหลักธรรมสำคัญให้เห็นความหมายและขอบเขตอย่างชัดเจน และทดสอบความรู้อย่างลึกซึ้ง ด้วยวิธีตั้งคำถามย้อนกันเป็นคู่ๆ (ยมก แปลว่า คู่) เช่น ถ้าถามว่า ธรรมทั้งปวงที่เป็นกุศล เป็นกุศลมูล หรือว่าธรรมทั้งปวงที่เป็นกุศลมูล เป็นกุศล, รูป (ทั้งหมด) เป็นรูปขันธ์ หรือว่ารูปขันธ์ (ทั้งหมด) เป็นรูป, ทุกข์ (ทั้งหมด) เป็นทุกขสัจจ์ หรือว่าทุกขสัจจ์ (ทั้งหมด) เป็นทุกข์ หลักธรรมที่นำมาอธิบายในเล่มนี้มี ๗ คือ มูล (เช่นกุศลมูล) ขันธ์ อายตนะ ธาตุ สัจจะ สังขาร อนุสัย ถามตอบอธิบายเรื่องใด ก็เรียกว่ายมกของเรื่องนั้นๆ เช่น มูลยมก ขันธยมก เล่มนี้จึงมี ๗ ยมก

เล่ม ๓๙ ยมก ภาค ๒ ถามตอบอธิบายหลักธรรมเพิ่มเติมจากภาค ๑ อีก ๓ เรื่อง คือ จิตตยมก ธรรมยมก (กุศล-อกุศล-อัพพยากตธรรม) อินทรีย์ ยมกบรรจบเป็น ๑๐ ยมก

เล่ม ๔๐ ปัฏฐาน ภาค ๑ คัมภีร์ปัฏฐานอธิบายปัจจัย ๒๔ โดยพิสดารแสดงความสัมพันธ์อิงอาศัยเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแง่ด้านต่างๆ ธรรมที่นำมาอธิบายก็คือข้อธรรมที่มีในมาติกา คือแม่บทหรือบทสรุปธรรมซึ่งกล่าวไว้แล้วในคัมภีร์สังคณีนั่นเอง แต่อธิบายเฉพาะ ๑๒๒ มาติกาแรกที่เรียกว่า อภิธรรมมาติกา ปัฏฐานเล่มแรกนี้ อธิบายความหมายของปัจจัย ๒๔ เป็นการปูพื้นความเข้าใจเบื้องต้นก่อน จากนั้นจึงเข้าสู่เนื้อหาของเล่ม คือ อนุโลมติกปัฏฐาน อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแม่บทชุด ๓ (ติกมาติกา) โดยปัจจัย ๒๔ นั้น กุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่กุศลธรรมโดยอุปนิสสยปัจจัย (เพราะศรัทธา จึงให้ทาน จึงมีสมาทานศีล จึงบำเพ็ญฌาน จึงเจริญวิปัสสนา ฯลฯ) กุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่อกุศล โดยอุปนิสสย ปัจจัย (คิดถึงทานที่ตนได้ให้ ศีลที่ได้รักษาแล้ว ดีใจยึดเป็นอารมณ์แน่นหนาจนเกิด ราคะ ทิฐิ, มีศรัทธา มีศีล มีปัญญา แล้วเกิดมานะว่า ฉันดีกว่า เก่งกว่า หรือเกิดทิฐิว่า ต้องทำอย่างเรานี้เท่านั้นจึงถูกต้อง ฯลฯ) อกุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่กุศลธรรมโดย อุปนิสสยปัจจัย (เพราะความอยากบางอย่าง หรือเพราะมานะหรือทิฐิ จึงให้ทาน รักษาศีล จึงทำฌานให้เกิดฯลฯ) กุศลธรรมเป็นปัจจัยแก่อกุศลธรรม โดยอารัมมณปัจจัย (คิดถึงฌานที่ตนได้ แต่เสื่อมไปแล้วเกิดความโทมนัส ฯลฯ) อย่างนี้เป็นต้น (เล่มนี้อธิบายแต่ในเชิงอนุโลมคือตามนัยปกติ ไม่อธิบายตามนัยปฏิเสธจึงเรียกว่าอนุโลมปัฏฐาน)

เล่ม ๔๑ ปัฏฐาน ภาค ๒ อนุโลมติกปัฏฐาน ต่อ คือ อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแม่บทชุด ๓ ต่อจากเล่ม ๔๐ เช่น อดีตธรรมเป็นปัจจัยแก่ปัจจุบันธรรม โดยอารัมมณปัจจัย (พิจารณารูปเสียงเป็นต้นที่ดับเป็นอดีตไปแล้วว่าเป็นของไม่เที่ยง เป็นทุกข์ เป็นอนัตตา เกิดความโทมนัสขึ้น ฯลฯ)

เล่ม ๔๒ ปัฏฐาน ภาค ๓ อนุโลมทุกปัฏฐาน อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลาย ในแม่บทชุด ๒ (ทุกมาติกา) เช่น โลกียธรรมเป็นปัจจัยแก่โลกียธรรม โดยอารัมมณปัจจัย (รูปายตนะ เป็นปัจจัยแก่จักขุวิญญาณ ฯลฯ) ดังนี้ เป็นต้น

เล่ม ๔๓ ปัฏฐาน ภาค ๔ อนุโลมทุกปัฏฐาน ต่อ

เล่ม ๔๔ ปัฏฐาน ภาค ๕ ยังเป็นอนุโลมปัฏฐาน แต่อธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลายในแม่บทต่างๆ ข้ามชุดกันไปมา ประกอบด้วย อนุโลมทุกติกปัฏฐาน ธรรมในแม่บท ชุด ๒ (ทุกมาติกา) กับธรรมในแม่บทชุด ๓ (ติกมาติกา) เช่น อธิบาย "กุศลธรรม" ที่เป็นโลกุตรธรรม เป็นปัจจัยแก่กุศลธรรม ที่เป็นโลกียธรรม โดยอธิปติปัจจัย เป็นอย่างไร เป็นต้น อนุโลมติกทุกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด ๓ (ติกมาติกา) กับธรรมในแม่บทชุด ๒ (ทุกมาติกา) อนุโลมติกติกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด ๓ (ติกมาติกา) กับธรรมในแม่บทชุด ๓ (ติกมาติกา) โยงระหว่างต่างชุดกัน เช่นอธิบายว่า "กุศลธรรมที่เป็นปัจจุบันธรรม" เป็นอย่างไร เป็นต้น อนุโลมทุกปัฏฐาน ธรรมในแม่บทชุด ๒ (ทุกมาติกา) โยงระหว่างต่างชุดกัน เช่น ชุดโลกียะโลกุตตระ กับชุดสังขตะอสังขตะ เป็นต้น

เล่ม ๔๕ ปัฏฐาน ภาค ๖ เป็นปัจจนียปัฏฐาน คืออธิบายความเป็นปัจจัยแก่กันแห่งธรรมทั้งหลาย อย่างเล่มก่อนๆ นั่นเอง แต่อธิบายแง่ปฏิเสธแยกเป็นปัจจนีย-ปัฏฐาน คือ ปฏิเสธ+ปฏิเสธ เช่นว่า ธรรมที่ไม่ใช่กุศลอาศัยธรรมที่ไม่ใช่กุศลเกิดขึ้นโดยเหตุปัจจัย เป็นอย่างไร ปัจจนียานุโลม ปัฏฐาน คือ ปฏิเสธ+อนุโลม เช่นว่า อาศัยธรรมที่ไม่ใช่ กุศลธรรมที่เป็นอกุศลเกิดขึ้น โดยเหตุปัจจัย เป็นอย่างไร และในทั้ง ๓ แบบนี้ แต่ละแบบ จะอธิบายใช้ธรรมในแม่บทชุด ๓ แล้วต่อด้วยชุด ๒ แล้วข้ามชุดระหว่างชุด ๒ กับชุด ๓ ชุด ๒ กับชุด ๒ จนครบทั้งหมดเหมือนกัน ดังนั้น แต่ละแบบจึงแยก ซอยละเอียดออกไปเป็น ติก ทุก ทุกติก ติกทุก ติกติก ทุกทุก ตามลำดับ (เขียนให้เต็มเป็น ปัจจนียติกปัฏฐาน ปัจจนียทุกปัฏฐาน ปัจจนียทุกติกปัฏฐาน ฯลฯ ดังนี้เรื่อยไปจนถึงสุดท้ายคือ ปัจจนียานุโลมทุกทุกปัฏฐาน)

คัมภีร์ปัฏฐานนี้ ท่านอธิบายค่อนข้างละเอียดเฉพาะเล่มต้นๆ เท่านั้น เล่ม หลังๆ ท่านแสดงไว้แต่หัวข้อหรือแนว และทิ้งไว้ให้ผู้เข้าใจแนวนั้นแล้วเอาไปแจกแจงโดยพิสดารเอง โดยเฉพาะเล่มสุดท้ายคือภาค ๖ แสดงไว้ย่นย่อที่สุด แม้กระนั้นก็ยังเป็นหนังสือถึง ๖ เล่ม หรือ ๓,๓๒๐ หน้ากระดาษพิมพ์ ถ้าอธิบายโดยพิสดาร ทั้งหมดจะเป็นเล่มหนังสืออีกจำนวนมากมายหลายเท่าตัว ท่านจึงเรียกปัฏฐานอีกชื่อหนึ่งว่า "มหาปกรณ์" แปลว่าตำราใหญ่ ใหญ่ทั้งขนาดและโดยความสำคัญ
พระอรรถกถาจารย์กล่าวว่า พระไตรปิฎก มีเนื้อความทั้งหมด ๘๔,๐๐๐ พระธรรมขันธ์ แบ่งเป็น

พระวินัยปิฎก ๒๑,๐๐๐ พระธรรมขันธ์
พระสุตตันตปิฎก ๒๑,๐๐๐ พระธรรมขันธ์
พระอภิธรรมปิฎก ๔๒,๐๐๐ พระธรรมขันธ์